當時日本海軍的航空隊中，有冠以地名的常設航空隊，也有以番號的特設航空隊。日本海軍在實施空地分離制度前，以臺灣各地名所命名的航空隊，共包含高雄海軍航空隊（1938年）、東港海軍航空隊（1940年）、臺南海軍航空隊（1941年）、新竹海軍航空隊（1942年）、高雄海軍航空隊（二代）（1942年）、臺南海軍航空隊（二代）（1943年）、第二臺南海軍航空隊（1944年）、虎尾海軍航空隊（1944年）。
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| 臺南海軍航空隊（二代）的零式練習戰鬥機 |
高雄海軍航空隊（飛行機文字：タカ、T）
1938年4月1日，佐世保鎮守府所管高雄空開隊，並納入馬公要港部管轄。開隊時兵力為陸上攻擊機一隊（12機）、艦上戰鬥機半隊（6機），約100名兵員，擔任湖南、江西、福建、廣東各省所在的小型飛行場，以及南雄、梅縣、潮州、長汀、南城、溫州、浦城、福州、建甌、廣昌各飛行場頻繁反復攻擊的任務。6月16日，高雄空的分隊自高雄基地出發，前往中國的樂昌進行轟炸任務，在龍南上空遭受中國空軍頑強的攻擊，導致該隊喪失陸上攻擊機三機，成為該隊於中日戰爭期間最致命的損失（分隊長米田充平中尉；操縱員大谷勳三等航空兵曹；偵察元大崎重正一等航空兵曹，另有18名姓名不詳者戰死）。1940年5月11日，高雄空進駐中國漢口飛行場，企圖擊滅四川省方面的中國航空兵力，針對成都、重慶飛行場進行攻擊任務。1941年9月2日，高雄空主力自漢口歸還高雄，以進行日後南進的準備，並於12月間對クラーク（克拉克）、イバ（伊巴）、ニコルス（Nichols）、デルカルメン（Del Carmen）、バタンガス（八打雁）、オロンガポ（奧隆阿波）、イロイロ（怡朗）等飛行場，以及マニラ（馬尼拉）的港灣設施、艦船，コレヒドール（科雷希多）要塞等進行渡洋轟炸。但高雄空駐防高雄的時間也不長，僅六個月就被派赴ティモール（帝汶）島クーパン（古邦）飛行場進行日後的南太平洋作戰。1942年10月1日變更名稱為第七五三海軍航空隊，1944年7月10日因兵力損耗嚴重而解隊。
歷任司令：
石井藝江大佐（1938年4月1日～1938年12月15日）
安藤榮城大佐（1938年12月15日～1939年11月15日)
菊池朝三大佐（1939年11月15日～1940年11月1日）
田口太郎大佐（1940年11月1日～1941年6月25日）
伊藤良秋大佐（1941年6月25日～1942年3月20日）
久邇宮朝融王大佐（1942年3月20日～1942年10月5日）
梅谷薰大佐（1942年10月5日～1944年7月10日）
東港海軍航空隊（飛行機文字：トコ）
1940年11月15日，佐世保鎮守府所管常設航空隊東港空開隊，飛行機定數為飛行艇24機、輸送飛行艇2機，並擔任比島方面的支援、索敵、哨戒作戰等任務。1941年12月22日就被派赴ダバオ（納卯），從事日後的蘭印方面作戰。1942年11月1日變更名稱為第八五一海軍航空隊，並在1944年3月31日晚間搭載聯合艦隊司令部長官古賀峯一大將，從パラオ（帛琉）撤退往ダバオ（達沃）的飛行途中墜毀，導致聯合艦隊司令部的組織骨幹遭受莫大破壞。同年9月20日第八五一海軍航空隊解隊。
歷任司令：
宮崎重敏大佐（1940年11月15日～1941年9月25日）
三浦鑑三大佐（1941年9月25日～1942年12月22日）
和田三郎大佐（1942年12月22日～1944年7月10日）
三田國雄大佐（1944年7月10日～1944年9月20日）
臺南海軍航空隊（飛行機文字：タイ、V）
1941年10月1日，佐世保鎮守府所管常設航空隊臺南空開隊，隸屬於第二十三航空戰隊。11月22日，該隊抽調零戰一個分隊（分隊長 戶梶忠恒大尉），編入馬來部隊。太平洋戰爭全面開始前，該隊飛行機定數為零式艦上戰鬥機64機、九六式艦上戰鬥機6機及九八式陸上偵察機8機）。比島攻略作戰途中，該隊向イバ（伊巴）、クラーク（克拉克）、デルカルメン（Del Carmen）、タルラック（塔拉克）、オロンガポ（奧隆阿波）、ニコルス（Nichols）、ニールソン（Nielson）、キャンプ・マーフィ、デルモンテ、ダンサラン、マラバング、バタンガス等飛行場進行地上攻擊，該隊期間共計損失零式艦上攻擊機八機（12月8日：小隊長中溝良一飛行兵曹長、河野安治郎二等飛行兵曹、青木吉男三等飛行兵曹、小隊長佐藤康久一等飛行兵曹、廣懶良雄三等飛行兵曹共五名戰死認定；12月10日：比嘉政春一等飛行兵曹戰死、藤村春男一等飛行兵曹座機於琉球嶼南方外海迫降，顏面負傷；12月13日：倉富博三等飛行兵曹戰死認定）。12月26日該隊主力派赴ホロ（霍洛）島進行日後的蘭印方面作戰。1942年11月1日變更名稱為第二五一海軍航空隊，1944年7月10日解隊。
歷任司令：
樋口曠大佐（1941年10月1日～1941年10月4日）
斎藤正久大佐（1941年10月4日～1942年12月10日）
小園安名中佐（1942年12月10日～1943年9月22日）
楠本幾登中佐（1943年9月22日～1944年3月4日）
柴田武雄中佐（1944年3月4日～1944年7月10日）
新竹海軍航空隊（飛行機文字：シソ）
1942年4月1日，橫須賀鎮守府所管常設航空隊新竹空開隊，其部隊基幹為木更津航空隊鍊成隊兵員，並納入馬公警備府管轄，為鍊成陸上攻擊機搭乘員，以及哨戒等從事而設置的航空隊。1943年4月26日，陸上攻擊機一機，執行該隊首次對潛哨戒的訓練任務，在起飛後18分鐘後行蹤不明（操縱員林敏夫上等飛行兵曹、池永清澄上等飛行兵；電信員野村利雄一等飛行兵曹、菅原久吾飛行兵長；攻擊員岡本政司飛行兵長、磯田成春飛行兵長、多田明一等飛行兵、町田義雄一等飛行兵、鈴木忠明一等飛行兵、今山常吉一等飛行兵、法山勇作一等飛行兵、小林繁治一等飛行兵；吉野巳則上等整備兵以上13名戰死認定）；6月10日，陸上攻擊機一機對潛哨戒任務途中行蹤不明（操縱員小龜朝男一等飛行兵曹；偵察員大保次雄飛行兵曹長；電信員柿原五男二等飛行兵曹；西澤雄三整備兵曹長以上四名戰死認定）；7月4日陸上攻擊機一機執行對潛哨戒任務途中行蹤不明（操縱員中村七七二等飛行兵曹；偵察員岩尾喜八飛行兵長；電信員宮田實上等飛行兵曹以上三名戰死認定）；8月20日，陸上攻擊機一機對新竹南西方外海潛水艦實施爆擊，也是該隊唯一的戰果。1943年11月25日，美國與中華民國混編的陸軍航空隊派出轟炸機14機、戰鬥機15機對新竹飛行場進行轟炸，造成該隊的陸上攻擊機12機遭到摧毀，25人戰死（馬淵利忠預備少尉、齊藤三郎預備少尉、加藤武上等整備兵曹、小坂太郎一等整備兵曹、湯本良三一等飛行兵曹、伊藤三郎上等飛行兵曹、大多和一豐一等飛行兵曹、角田義光一等飛行兵曹、渕岡五郎一等飛行兵曹、清水寬上等飛行兵曹、西谷春夫上等飛行兵曹、篠原一郎上等整備兵曹、鄉原正備整備兵長，另有12名姓名不詳者戰死）。空襲之後，該隊於12月中旬轉移至鹿屋基地，並於1944年1月1日解隊。
歷任司令：
前原富義大佐（1942年4月1日～1942年12月7日）
森玉賀四大佐（1942年12月7日～1944年1月1日）
高雄海軍航空隊（二代）（飛行機文字：タカ）
1942年10月1日，橫須賀鎮守府所管航空隊高雄空（二代）開隊，為訓練、教育已有飛行基礎的飛行訓練生而設立的練習航空隊。1943年12月1日設置臺中分遣隊（隊長 小池定雄中佐）。臺灣沖航空戰期間，該隊與臺南空協同迎戰出現於臺南上空約40架美國F6F地獄貓戰鬥機，損失九架零式艦上戰鬥機（教官內藤良雄中尉、教官伊藤保中尉、松本利博上等飛行兵曹、竹本忠義上等飛行兵曹、山下七松飛行兵長、堀川佐平飛行兵長、久慈豐飛行兵長，另有兩名姓名不詳者戰死認定）。1944年12月1日，高雄海軍航空隊（二代）解隊。
歷任司令：
井上左馬二大佐（1942年10月1日～1944年2月15日）
中島傅大佐（1944年2月15日～1944年12月1日）
臺南海軍航空隊（二代）（飛行機文字：タイ）
1943年4月1日，橫須賀鎮守府所管航空隊高雄空（二代）開隊，為訓練、教育具備飛行基礎的飛行員（實用機訓練用）而設立的練習航空隊。1944年10月12日早晨7時13分，該隊以零式艦上戰鬥機25機迎戰出現於臺南上空約40架美國F6F地獄貓戰鬥機，自損失零式艦上戰鬥機17機（飛行隊長兼分隊長教官渡邊一彥大尉、田口俊一大尉、教官木原健中尉，另有14名姓名不詳者戰死認定）。同年12月1日，臺南海軍航空隊（二代）解隊。
歷任司令：
市村茂松大佐（1943年4月1日～1944年5月15日）
三木森彥少將（1944年5月15日～1944年7月1日）
高橋俊策大佐（1944年7月1日～1944年12月1日）
第二臺南海軍航空隊（飛行機文字：2タイ）
1944年2月1日，佐世保鎮守府所管常設航空隊第二臺南空開隊，為訓練、整備不具備飛行基礎的海軍飛行預科練習生（整備教育用）而設立的練習航空隊。1945年2月15日，第二臺南海軍航空隊解隊。
歷任司令：
山田慈郎大佐（1944年2月1日～1944年6月15日）
本間肥大佐（1944年6月15日～1944年10月15日）
津村慶四郎中佐（1944年10月15日～1945年2月15日）
虎尾海軍航空隊（飛行機文字：コビ）
1944年5月15日，橫須賀鎮守府所管航空隊虎尾空開隊，為海軍飛行預科練習畢業生實施初步訓練而設立的練習航空隊，使用九三式中間練習機等機種，並設置臺中分遣隊（由原有高雄海軍航空隊（二代）的臺中分遣隊移管）。1945年2月15日，虎尾航空隊解隊。
歷任司令：
市村茂松大佐（1944年5月15日～1944年12月1日）
高橋俊策大佐（1944年12月1日～1945年2月15日）
1944年7月10日起，日本海軍航空隊實施空地分離制度，航空隊編制改編為甲、乙兩種。甲航空隊（數字番號）為戰鬥飛行隊。乙航空隊（地名番號）以基地任務為主。當甲、乙航空隊駐紮同一飛行場時，則以甲航空隊之作戰任務為主。日本海軍在實施空地分離制度後，以臺灣各地名所命名的航空隊，共包含臺灣海軍航空隊（1944年）、第二高雄海軍航空隊（1944年）、北臺海軍航空隊（1945年），以及南臺海軍航空隊（1945年）。
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| 北臺海軍航空隊司令 鈴木由次郎大佐 （Source: 國家發展委員會檔案管理局） |
臺灣海軍航空隊
1944年7月10日實施當天，橫須賀鎮守府所管乙航空隊臺灣空成立，並納入第二航空艦隊管轄。臺灣空擔任支援作戰任務，航空隊本部設於新竹基地，預定設置紅毛、高雄、花蓮港、臺東派遣隊，以及臺南、臺中、宜蘭、恆春、虎尾、臺北、後龍聯絡隊。然而臺灣空自成立之初，即面臨嚴重人員不足的問題，實員僅800名（最初預定兵員為2300名），對於額外派遣、聯絡隊的設置可謂是回身乏術，例如8月31日該隊高雄派遣隊僅50名兵員，與原先預定之400名基地員落差甚大，基地防務徹底地虛空化。直到11月15日臺灣空才正式編成。臺灣沖航空戰期間，臺灣空擔任支援作戰任務，負責殲滅敵航空兵力及保護海上交通運輸。待戰役結束，菲律賓的航空部隊及整備員紛紛撤退來臺，為了支援這些部隊的再編成作業，該隊因而廢除了直屬的各訓練用航空教育隊。1945年6月15日，臺灣空南北分割，分別改編為北臺海軍航空隊、南臺海軍航空隊。
歷任司令：
坂田義人大佐（1944年7月10日～1944年8月7日）
神岡重雄大佐（1944年8月7日～1945年1月20日）
藤松達次大佐（1945年1月20日～1945年2月5日）
中澤祐少將（1945年2月5日～1945年5月10日）
藤松達次大佐（1945年5月10日～1945年6月15日）
第二高雄海軍航空隊
1944年8月15日，橫須賀鎮守府所管航空隊第二高雄空開隊，為訓練、整備不具備飛行基礎的海軍射擊科專修飛行練習生（整備教育用）而設立的練習航空隊。該隊也使用一式陸上攻擊機等機種，並擔任臺灣周邊的索敵、哨戒等任務。臺灣沖航空戰前夕，該隊執行敵機動部隊的索敵、警戒任務，共損失二架一式陸上攻擊機（10月5日：操縱員宮崎正三預備少尉、小西二郎上等飛行兵曹；偵察員小林育造預備少尉、小島利吉上等整備兵曹、牛島清太一等飛行兵曹；射擊員山口博一等飛行兵曹、山本辰也飛行兵長等七名戰死認定；10月7日：操縱員土屋孝預備飛行少尉、岡部森雄飛行兵長；偵察員足立勝信預備少尉、藤澤茂上等整備兵曹、中村藤吾二等飛行兵曹；射擊員長瀨正雄飛行兵長等六名戰死認定）。1945年2月15日，第二高雄海軍航空隊解隊。
歷任司令：
宮川大槻大佐（1944年8月15日～1945年2月15日）
北臺海軍航空隊
1945年6月15日，佐世保鎮守府所管乙航空隊北臺空於新竹開隊，將臺灣海軍航空隊分割為北臺、南臺海軍航空隊，隸屬於高雄警備府。該隊的派駐地點為臺北、淡水、新竹（航空隊本部所在地）、宜蘭、臺中、新高、新社、石垣島及宮古島等。1945年8月15日終戰後，歸國復員。
歷任司令：
鈴木由次郎大佐（1945年6月15日～終戰）
南臺海軍航空隊
1945年6月15日，佐世保鎮守府所管乙航空隊北臺空於高雄開隊，將臺灣海軍航空隊分割為北臺、南臺海軍航空隊，隸屬於高雄警備府。該隊的派駐地點為虎尾、歸仁、大林、岡山（航空隊本部所在地）、東港、臺東等。1945年8月15日終戰後後，歸國復員。
歷任司令：
小池定雄大佐（1945年6月15日～1945年7月2日）
鈴木由次郎大佐（1945年7月2日～終戰）
