早在日本發動太平洋戰爭之前，日本海軍就已在各鎮守府、警備府轄下編組防備隊，沿著重要的港灣水道設立防備衛所，之後更持續予以增設，肩負著監視海域活動、警戒敵方艦艇出沒，防堵美方潛艦侵入的大任。當時身為日本殖民地的澎湖列島，馬公要港（測天島）及其聯外「澎湖水道」是日本海軍防禦最重點，也設置了不少防備衛所。
從《澎湖知識服務平台》的文章〈防備衛所〉裡指出：「總計在1945（昭和20）年8月二戰終戰前夕，日本海軍在澎湖外垵吃仔尾、井垵凸角、虎井西山南端、虎井西山北端、花嶼、東吉嶼、北門庄、大嶼等地，均設有防備衛所，數量達8處之多。 」
依據昭和十九（1944）年5月〈高雄警備府戦時日誌〉，當時隸屬於馬公方面特別根據地隊的防備衛所共有吃仔尾、凸角、虎井嶼南西端、虎井嶼北西端、花嶼、東吉嶼、北門庄、大嶼等地，與《澎湖知識平台》所提供的數量吻合。然而1945年10月的〈澎湖列島水中防備關係圖〉清楚顯示，終戰時澎湖群島只有七座防備衛所，其中就有兩座位於虎井嶼西端，其他五座分別在吃仔尾、凸角、花嶼、東吉嶼、大嶼，唯獨北門庄沒有列入該圖。
 |
| 澎湖列島水中防備關係圖 /筆者編輯 （Source: 國家發展委員會檔案管理局） |
換言之，澎湖列島的水中防備網路，並沒有所謂的北門庄防備衛所。
澎湖水道是介於臺灣本島與澎湖之間 ，由一條狹長狀的海谷地形所構成的海域。起緣於臺南州安平外海，谷軸呈現南北向，南端起源處約在高屏大陸棚緣位置，大約平行海岸，向雲林外海延伸，為早期臺灣移民橫渡所稱「黑水溝」之一。從〈澎湖水道水中防備關係圖〉來看，日本海軍馬公方面特別根據地隊分別在澎湖廳東吉島、臺南州北門庄兩端各自設立一座防備衛所，歸類為丙種防備衛所，互為犄角箝制澎湖水道左右兩翼。按照昭和十七（1942）年9月15日修訂的〈特設防備衛所定員表〉規定，丙種防備衛所配置17人（士官1員、下士6員、兵10員），配備4組（含）以下的磁氣探知機（即磁性探測儀），以潛艦金屬外殼產生的海水細微磁場擾動來偵蒐潛艦。
 | |
| 澎湖水道水中防備關係圖 /筆者編輯 （Source: 國家發展委員會檔案管理局） |
因此，北門庄防備衛所雖隸屬於日本海軍馬公方面特別根據地隊，然而其位置是在臺南州北門郡北門庄蘆竹溝。
依據北門庄防備衛所長中西少尉撰寫的〈衛所經歷〉可知，防備衛所的建築兵舍在昭和十九（1944）年8月30日完工，並相繼在9月3日與12月6日完成檢磁環線的延佈，以及二式磁氣探知機的裝備作業。然而，防備衛所直到昭和二十（1945）年2月15日才正式展開戰鬥哨戒任務。北門庄防備衛所自設立以來便受到諸多問題的影響，不僅是其充電不充分而導致哨戒不完全，又從六月中旬直至七月底，經常遭受美機機槍掃射的攻擊，在8月11日更是爆出沖天烈焰，乃磁氣探知機無法運作，北門庄防備衛所也失去了作用價值。
 | |
| 北門庄防備衛所，右邊的聚落為蘆竹溝 （Source: 臺灣早期舊航照影像查詢系統） |
美軍飛機在1947年10月17日拍攝了臺南周邊的相關航照，北門庄防備衛所早就移管國軍使用，但是防備衛所早先搭設的建物格局在空照中仍然很容易辨識。下圖是同範圍衛星照片，可以知道北門庄防備衛所的正確位置是現在海巡署蘆竹溝安檢所內。
